在當前經濟社會中，獸藥殘留的檢測主要集中在動物源食品的品控以及監(jiān)管（包括：養(yǎng)殖、粗加工、加工以及上架整個流程的各個環(huán)節(jié)）、乳制品、水體水質監(jiān)測等。

　　在政府監(jiān)管上，我國現在強調：從源頭抓起！所以，首要就是農業(yè)部下屬的獸藥監(jiān)察所、動物疾控中心、農科院、水產所等，然后就是出入境檢驗檢疫局、檢科院、各地疾控中心（食品風險監(jiān)測）、食品安全風險中心、水利局，還有成立不久的食品藥品監(jiān)督管理局。

　　獸藥殘留的檢測與我們熟知的農藥殘留的檢測相比，含量更低、毒性當量更大、代謝物更多。所以，對檢測的儀器、人員要求更高。一般來說各地的獸藥監(jiān)察所、進出口檢驗檢疫局、疾控中心、乳制品企業(yè)對于獸藥殘留的檢測開展的早，儀器、人員水平高經驗足，尤其是對于遵從法規(guī)的定量檢測，有著豐富的經驗。大型肉制品生產企業(yè)，這兩年，在目標獸藥殘留方面的檢測能力，也不容小看。

　　但是，目前還有一些問題：一是養(yǎng)殖企業(yè)中的獸藥殘留監(jiān)管還不廣泛；其次水質監(jiān)測上還沒有涉及獸藥殘留檢測，這主要是由于藥廠排污、養(yǎng)殖企業(yè)將病死禽畜拋入河流等帶來的獸藥污染；再有就是目前的獸藥殘留監(jiān)管只是針對標準中規(guī)定的那幾項，然而獸藥的代謝化合物和轉換物的監(jiān)管還有待提高；*后非法獸藥添加的及時發(fā)現與鑒定，未知監(jiān)管范圍內的獸藥殘留毒性當量研究還有待深入。

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